.: ORİJİNAL ARAŞTIRMA
VIM ve IMP Tipi Metallo Beta Laktamaz Genlerinin Hızlı Saptanması İçin Yeni Bir Multipleks PZR Metodu
A New Multiplex PCR Method for Rapid Detection of Genes Encoding VIM and IMP Types of Metallo Beta Lactamases
Turkiye Klinikleri J Med Sci. 2010;30(4):1312-6
doi: 10.5336/medsci.2009-11518
Makale Dili: TR
Tam Metin
ÖZET
Amaç: Bu çalışmada VIM ve IMP tipi metallo beta-laktamazları (MBL) kodlayan genlerin tamamını hızlı şekilde saptayacak multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) protokolü tarif edilmektedir. Ayrıca bu yöntem İstanbul'da büyük bir üniversite hastanesinde izole edilen P.aeruginosa kökenlerinde MBL varlığı ve tiplerinin araştırılmasında kullanılmıştır. Gereç ve Yöntemler: bla IMP1-22 ve blaVIM1-12 prototip sekansları GenBank'tan indirilmiş ve Bioedit bilgisayar paketinden ClustalW multipl alignment programı kullanılarak hizalanmıştır. Farklı primer konsantrasyon ve oranlarının kullanıldığı optimizasyon deneylerinden sonra en uygun multipleks PCR formatı 1:2 VIM / IMP olarak belirlenmiş ve tüm tarama testlerinde bu format kullanılmıştır. Multipleks PCR yöntemi imipeneme dirençli veya orta dirençli 51 adet P.aeruginosa kökeninde de kullanılmıştır. İmipenem, meropenem, seftazidim ve sefepim için minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) agar dilüsyon yöntemi ile saptanmıştır. Kontrol kökenleri olarak IMP-1, IMP2, IMP13, VIM1, VIM2, VIM4 tipi enzimleri üreten P.aeruginosa kökenleri ve VIM-5 tipi enzim üreten K.pneumoniae kökeni kullanılmıştır. Bulgular: Tüm kontrol kökenleri belirtilen multipleks PCR yöntemi ile tespit edilmiştir. Elli bir adet P.eruginosa kökeninde multipleks PCR yöntemi ile blaIMP ve blaVIM varlığı saptanmamıştır. İmipenem, meropenem, seftazidim ve sefepim için MİK50 değerleri sırasıyla 32?g/ml, 32?g/ml, 128?g/ml, 64?g/ml olarak bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada belirtilen multipleks PCR protokolü IMP ve VIM tipi MBL genlerinin çeşitli klinik birimlerde epidemiyolojik yayılımlarını incelemek amacıyla kullanılması faydalı olabilecek bir yöntemdir.
Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa; PCR; karbapenemler; beta-laktamazlar
Amaç: Bu çalışmada VIM ve IMP tipi metallo beta-laktamazları (MBL) kodlayan genlerin tamamını hızlı şekilde saptayacak multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) protokolü tarif edilmektedir. Ayrıca bu yöntem İstanbul'da büyük bir üniversite hastanesinde izole edilen P.aeruginosa kökenlerinde MBL varlığı ve tiplerinin araştırılmasında kullanılmıştır. Gereç ve Yöntemler: bla IMP1-22 ve blaVIM1-12 prototip sekansları GenBank'tan indirilmiş ve Bioedit bilgisayar paketinden ClustalW multipl alignment programı kullanılarak hizalanmıştır. Farklı primer konsantrasyon ve oranlarının kullanıldığı optimizasyon deneylerinden sonra en uygun multipleks PCR formatı 1:2 VIM / IMP olarak belirlenmiş ve tüm tarama testlerinde bu format kullanılmıştır. Multipleks PCR yöntemi imipeneme dirençli veya orta dirençli 51 adet P.aeruginosa kökeninde de kullanılmıştır. İmipenem, meropenem, seftazidim ve sefepim için minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) agar dilüsyon yöntemi ile saptanmıştır. Kontrol kökenleri olarak IMP-1, IMP2, IMP13, VIM1, VIM2, VIM4 tipi enzimleri üreten P.aeruginosa kökenleri ve VIM-5 tipi enzim üreten K.pneumoniae kökeni kullanılmıştır. Bulgular: Tüm kontrol kökenleri belirtilen multipleks PCR yöntemi ile tespit edilmiştir. Elli bir adet P.eruginosa kökeninde multipleks PCR yöntemi ile blaIMP ve blaVIM varlığı saptanmamıştır. İmipenem, meropenem, seftazidim ve sefepim için MİK50 değerleri sırasıyla 32?g/ml, 32?g/ml, 128?g/ml, 64?g/ml olarak bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada belirtilen multipleks PCR protokolü IMP ve VIM tipi MBL genlerinin çeşitli klinik birimlerde epidemiyolojik yayılımlarını incelemek amacıyla kullanılması faydalı olabilecek bir yöntemdir.
Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa; PCR; karbapenemler; beta-laktamazlar
ABSTRACT
Objective: This study describes a multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay protocol for rapid detection of genes encoding VIM and IMP types of metallo beta lactamases (MBL). This assay is also used for evaluate the presence and types of MBL among Pseudomonas aeruginosa isolates in a large university hospital in Istanbul. Material and Methods: bla IMP1-22 and blaVIM1-12 prototype sequences were downloaded from GenBank and aligned using ClustalW multiple alignment program in Bioedit software package. Following optimisation using different concentrations and combination of primers, the 1.2 VIM/IMP ratio for primers were determined and used throughout the screening assays. The multiplex PCR protocol was used to screen 51 P.aeruginosa isolates resistant or intermediate resistant to imipenem. Minimum inhibitory concentrations (MIC) of imipenem, meropenem, ceftazidime and cefepime were determined by the agar dilution method. Control strains comprised of P.aeruginosa strains producing IMP-1, IMP-2, IMP-13, VIM-1, VIM-2, VIM-4 and a Klebsiella pneumoniae strain producing VIM-5. Results: The multiplex PCR method was able to detect all the control strains producing VIM and IMP types of MBL genes. No isolate was found to be positive for blaVIM and blaIMP genes among 51 P.aeruginosa isolates with the multiplex PCR method. MIC50 values for P.aeruginosa isolates of imipenem, meropenem, ceftazidime and cefepime were 32?g/ml, 32?g/ml, 128?g/ml, 64?g/ml, respectively. Conclusion: The multiplex PCR assay described in this study could be helpful for monitoring the epidemiology of VIM and IMP types of MBL in different clinical settings.
Keywords: Pseudomonas aeruginosa; polymerase chain reaction; carbapenems; beta-lactamases
Objective: This study describes a multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay protocol for rapid detection of genes encoding VIM and IMP types of metallo beta lactamases (MBL). This assay is also used for evaluate the presence and types of MBL among Pseudomonas aeruginosa isolates in a large university hospital in Istanbul. Material and Methods: bla IMP1-22 and blaVIM1-12 prototype sequences were downloaded from GenBank and aligned using ClustalW multiple alignment program in Bioedit software package. Following optimisation using different concentrations and combination of primers, the 1.2 VIM/IMP ratio for primers were determined and used throughout the screening assays. The multiplex PCR protocol was used to screen 51 P.aeruginosa isolates resistant or intermediate resistant to imipenem. Minimum inhibitory concentrations (MIC) of imipenem, meropenem, ceftazidime and cefepime were determined by the agar dilution method. Control strains comprised of P.aeruginosa strains producing IMP-1, IMP-2, IMP-13, VIM-1, VIM-2, VIM-4 and a Klebsiella pneumoniae strain producing VIM-5. Results: The multiplex PCR method was able to detect all the control strains producing VIM and IMP types of MBL genes. No isolate was found to be positive for blaVIM and blaIMP genes among 51 P.aeruginosa isolates with the multiplex PCR method. MIC50 values for P.aeruginosa isolates of imipenem, meropenem, ceftazidime and cefepime were 32?g/ml, 32?g/ml, 128?g/ml, 64?g/ml, respectively. Conclusion: The multiplex PCR assay described in this study could be helpful for monitoring the epidemiology of VIM and IMP types of MBL in different clinical settings.
Keywords: Pseudomonas aeruginosa; polymerase chain reaction; carbapenems; beta-lactamases
.: İşlem Listesi