.: ORİJİNAL ARAŞTIRMA
Bacteria Isolated from Endotracheal Aspirate Samples and Antibiotic Resistance Rates: 5-year Analysis: 5-year Retrospective Analysis
Endotrakeal Aspirat Örneklerinden İzole Edilen Bakteriler ve Antibiyotik Direnç Oranları: 5 Yıllık Analiz: 5 Yıllık Retrospektif Analiz
Turkiye Klinikleri J Med Sci. 2021;41(3):327-34
doi: 10.5336/medsci.2021-83666
Makale Dili: EN
Tam Metin
ABSTRACT
Objective: Ventilator-associated pneumonia (VAP) is a significant nosocomial infection occurring in patients treated in intensive care units (ICU). This study aimed to determine the antimicrobial resistance rates in microorganisms isolated from endotracheal aspirate (ETA) samples and evaluate the changes in 5 years. Material and Methods: ETA specimens sent to our laboratory from the ICU between 2016-2020 were evaluated retrospectively. Bacterial identification and antimicrobial sensitivity tests were made using conventional methods and automated systems. Results: A total of 3,943 ETA specimens examined during the study period were evaluated. Significant bacteriological growth was detected in 46.4%, and these were included in the study. Growth of Gram-negative bacteria was observed in 94.5%, and Gram-positive bacteria were found in 5.5%. The most frequently isolated organism was Acinetobacter baumannii, followed by Pseudomonas aeruginosa. A. baumannii was found as the agent having the highest rates of resistance in our study. The resistance rates were generally below 40% in P. aeruginosa strains, and Staphylococcus aureus' resistance rates were below 25%, except for penicillin and methicillin. Resistance against many antimicrobials was observed in Escherichia coli, and Klebsiella pneumoniae strains with a rate above 50%. In addition, resistance rates have been found to vary over the years. Conclusion: VAP is a frequently encountered infection in ICU, generally caused by resistant microorganisms. Treatment with antibiotics that are effective against causative agents as soon as possible is essential in decreasing mortality. Thus, antimicrobial resistance patterns should be followed up regularly, and treatment protocols should be updated according to this.
Keywords: Intensive care unit; pneumonia; antibiotic resistance
Objective: Ventilator-associated pneumonia (VAP) is a significant nosocomial infection occurring in patients treated in intensive care units (ICU). This study aimed to determine the antimicrobial resistance rates in microorganisms isolated from endotracheal aspirate (ETA) samples and evaluate the changes in 5 years. Material and Methods: ETA specimens sent to our laboratory from the ICU between 2016-2020 were evaluated retrospectively. Bacterial identification and antimicrobial sensitivity tests were made using conventional methods and automated systems. Results: A total of 3,943 ETA specimens examined during the study period were evaluated. Significant bacteriological growth was detected in 46.4%, and these were included in the study. Growth of Gram-negative bacteria was observed in 94.5%, and Gram-positive bacteria were found in 5.5%. The most frequently isolated organism was Acinetobacter baumannii, followed by Pseudomonas aeruginosa. A. baumannii was found as the agent having the highest rates of resistance in our study. The resistance rates were generally below 40% in P. aeruginosa strains, and Staphylococcus aureus' resistance rates were below 25%, except for penicillin and methicillin. Resistance against many antimicrobials was observed in Escherichia coli, and Klebsiella pneumoniae strains with a rate above 50%. In addition, resistance rates have been found to vary over the years. Conclusion: VAP is a frequently encountered infection in ICU, generally caused by resistant microorganisms. Treatment with antibiotics that are effective against causative agents as soon as possible is essential in decreasing mortality. Thus, antimicrobial resistance patterns should be followed up regularly, and treatment protocols should be updated according to this.
Keywords: Intensive care unit; pneumonia; antibiotic resistance
ÖZET
Amaç: Yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) tedavi edilen hastalarda, ventilatörle ilişkili pnömoni [ventilator-associated pneumonia (VAP)] önemli bir hastane enfeksiyonudur. Bu çalışmanın amacı, YBÜ'de yatan hastaların endotrakeal aspirat (ETA) örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların, antimikrobiyal direnç oranlarını belirlemek ve 5 yıl içindeki değişimini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: 2016 ve 2020 yılları arasında YBÜ'den laboratuvarımıza gönderilen ETA örnekleri retrospektif olarak incelenmiştir. Bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri, konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler kullanılarak yapılmıştır. Bulgular: Çalışma süresince 3.943 ETA örneği değerlendirilmiş, %46,4'ünde bakteriyolojik açıdan anlamlı üreme tespit edilmiş ve çalışmaya dâhil edilmiştir. Bunların %94,5'inde Gram-negatif bakteri; %5,5'inde ise Gram-pozitif bakteri ürediği saptanmıştır. En sık Acinetobacter baumannii, 2. sırada Pseudomonas aeruginosa izole edilmiştir. Çalışmamızda, A. baumannii en yüksek direnç oranlarına sahip etken olarak saptanmıştır. P. aeruginosa suşlarında direnç oranlarının genel olarak %40'ın, Staphylococcus aureus'da penisilin ve metisilin hariç %25'in altında olduğu belirlenmiştir. Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarında ise birçok antimikrobiyale %50'nin üzerinde direnç gözlenmiştir. Ayrıca direnç oranlarının yıllar içinde değişkenlik gösterdiği görülmüştür. Sonuç: VAP, YBÜ'de sık karşılaşılan, genellikle de dirençli mikroorganizmaların etken olduğu bir enfeksiyondur. Etkene uygun antibiyotiğin bir an önce başlanması mortalitenin azaltılması açısından oldukça önemlidir. Bu nedenle, antimikrobiyal direnç paternleri düzenli olarak izlenmeli ve buna göre tedavi protokolleri güncellenmelidir.
Anahtar Kelimeler: Yoğun bakım ünitesi; pnömoni; antibiyotik direnci
Amaç: Yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) tedavi edilen hastalarda, ventilatörle ilişkili pnömoni [ventilator-associated pneumonia (VAP)] önemli bir hastane enfeksiyonudur. Bu çalışmanın amacı, YBÜ'de yatan hastaların endotrakeal aspirat (ETA) örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların, antimikrobiyal direnç oranlarını belirlemek ve 5 yıl içindeki değişimini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: 2016 ve 2020 yılları arasında YBÜ'den laboratuvarımıza gönderilen ETA örnekleri retrospektif olarak incelenmiştir. Bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri, konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler kullanılarak yapılmıştır. Bulgular: Çalışma süresince 3.943 ETA örneği değerlendirilmiş, %46,4'ünde bakteriyolojik açıdan anlamlı üreme tespit edilmiş ve çalışmaya dâhil edilmiştir. Bunların %94,5'inde Gram-negatif bakteri; %5,5'inde ise Gram-pozitif bakteri ürediği saptanmıştır. En sık Acinetobacter baumannii, 2. sırada Pseudomonas aeruginosa izole edilmiştir. Çalışmamızda, A. baumannii en yüksek direnç oranlarına sahip etken olarak saptanmıştır. P. aeruginosa suşlarında direnç oranlarının genel olarak %40'ın, Staphylococcus aureus'da penisilin ve metisilin hariç %25'in altında olduğu belirlenmiştir. Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarında ise birçok antimikrobiyale %50'nin üzerinde direnç gözlenmiştir. Ayrıca direnç oranlarının yıllar içinde değişkenlik gösterdiği görülmüştür. Sonuç: VAP, YBÜ'de sık karşılaşılan, genellikle de dirençli mikroorganizmaların etken olduğu bir enfeksiyondur. Etkene uygun antibiyotiğin bir an önce başlanması mortalitenin azaltılması açısından oldukça önemlidir. Bu nedenle, antimikrobiyal direnç paternleri düzenli olarak izlenmeli ve buna göre tedavi protokolleri güncellenmelidir.
Anahtar Kelimeler: Yoğun bakım ünitesi; pnömoni; antibiyotik direnci
REFERANSLAR:
- Gupta MK, Mondkar J, Swami A, Hegde D, Goel S. Endotracheal aspirate microscopy, cultures and endotracheal tube tip cultures for early prediction of ventilator associated pneumonia in neonates. Indian Pediatr. 2017;54(3): 211-4. [Crossref] [PubMed]
- Papazian L, Klompas M, Luyt CE. Ventilator-associated pneumonia in adults: a narrative review. Intensive Care Med. 2020;46(5):888-906. [Crossref] [PubMed] [PMC]
- Sick-Samuels AC, Fackler JC, Berenholtz SM, Milstone AM. Understanding reasons clinicians obtained endotracheal aspirate cultures and impact on patient management to inform diagnostic stewardship initiatives. Infect Control Hosp Epidemiol. 2020;41(2):240-2. [Crossref] [PubMed] [PMC]
- Yoo IY, Huh K, Shim HJ, Yun SA, Chung YN, Kang OK, et al. Evaluation of the BioFire FilmArray Pneumonia Panel for rapid detection of respiratory bacterial pathogens and antibiotic resistance genes in sputum and endotracheal aspirate specimens. Int J Infect Dis. 2020;95:326-31. [Crossref] [PubMed]
- Müderris T, Özdemir R, Kaya S, Yurtsever SG, Aksoy Gökmen A, Peker BO. Solunum yolu örneklerinden izole edilen non-fermentatif gram negatif bakterilerin antibiyotik direnç dağılımları: altı yıllık analiz [Antibiotic resistance distributions of non-fermentative gram negative bacteria isolated from respiratory tract samples: six years analysis]. Pam Med J. 2020;13(3): 695-704. [Crossref]
- Gauvin F, Dassa C, Chaïbou M, Proulx F, Farrell CA, Lacroix J. Ventilator-associated pneumonia in intubated children: comparison of different diagnostic methods. Pediatr Crit Care Med. 2003;4(4):437-43. [Crossref] [PubMed]
- Kalil AC, Metersky ML, Klompas M, Musce dere J, Sweeney DA, Palmer LB, et al. Management of adults with hospital-acquired and ventilator-associated pneumonia: 2016 Clinical Practice Guidelines by the Infectious Diseases Society of America and the American Thoracic Society. Clin Infect Dis. 2016; 63(5):e61-111. Erratum in: Clin Infect Dis. 2017;64(9):1298. Erratum in: Clin Infect Dis. 2017;65(8):1435. Erratum in: Clin Infect Dis. 2017;65(12):2161. [PubMed] [PMC]
- Kabak E, Hudcova J, Magyarics Z, Stulik L, Goggin M, Szijártó V, et al. The utility of endotracheal aspirate bacteriology in identifying mechanically ventilated patients at risk for ventilator associated pneumonia: a single-center prospective observational study. BMC Infect Dis. 2019;19(1):756. [Crossref] [PubMed] [PMC]
- Shen L, Wang F, Shi J, Xu W, Jiang T, Tang H, et al. Microbiological analysis of endotracheal aspirate and endotracheal tube cultures in mechanically ventilated patients. BMC Pulm Med. 2019;19(1):162. [Crossref] [PubMed] [PMC]
- Huang Y, Jiao Y, Zhang J, Xu J, Cheng Q, Li Y, et al; Infection Assembly of Shanghai Respiratory Society. Microbial etiology and prognostic factors of ventilator-associated pneu monia: a multicenter retrospective study in Shanghai. Clin Infect Dis. 2018;67(suppl_2): S146-52. [Crossref] [PubMed]
- Klinik Mikrobiyoloji Uzmanlığı Derneği. Tıbbi Mikrobiyoloji Uzmanları İçin Klinik Örnekten Sonuç Raporuna Uygulama Rehberi: Solunum Sistemi Örnekleri. Ankara: Çağhan Ofset Matbaacılık Ltd. Şti; 2015. p.44-62. [Link]
- European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters Version 10.0. Erişim tarihi: 10.5.2020. Erişim linki: [Link]
- Dray S, Coiffard B, Persico N, Papazian L, Hraiech S. Are tracheal surveillance cultures useful in the intensive care unit? Ann Transl Med. 2018;6(21):421. [Crossref] [PubMed] [PMC]
- Koca Ö. Antibiotic resistance profiles of endotracheal aspirates in intensive care unit patients. J Clin Anal Med. 2019;10(2):243-6. [Crossref]
- Palabıyık O, Öğütlü A, Toptaş Y. Yoğun bakım ünitesinde ventilatör ilişkili pnömoni ve etken mikroorganizmalar: iki yıllık retrospektif analiz [Ventilator-associated pneumonia and cau sative microorganisms in intensive care unit: a 2-year retrospective analysis]. J Turk Soc Intens Care. 2016;14(3):80-5. [Crossref]
- Özer B, Babayiğit C, Çolak S, Önlen C, Çimen F, Boyacıgil İ, et al. Alt solunum yolu örneklerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antimikrobiyal direnç durumları [Microorganisms isolated from lower respiratory tract specimens and their antimicrobial resistance]. Mustafa Kemal Üniv Tıp Derg. 2016;7(26):45-53. [Link]
- Inanç Y, Inanç Y. An evaluation of the infection agents and the demographic characteristics of patients followed up on a mechanical ventilator in neurology intensive care: A retrospective, single center, observational study. J Surg Med. 2018;2(3):262-4. [Crossref]
- Tümtürk A, Tezer Tekçe AY, Şanal L. Nozokomiyal infeksiyon etkeni Gram negatif bakterilerde karbapenem direnç oranları: Üçüncü basamak bir hastaneden retrospektif bir çalışma [Carbapenem resistance rates in Gram-negative bacteria in nosocomial infections: A retrospective study from a tertiary hospital]. Ortadogu Tıp Derg. 2019;11(4):422-6. [Crossref]
- Şahin AR, Doğruer D, Nazik S, Aktemur A, Öksüz H, Aral M, et al. Hastane kökenli patojenlerde artan antimikrobiyal direnç sorunu: Acinetobacter baumannii [Increasing antimicrobial resistance problem of nosocomial pathogens: Acinetobacter baumannii]. Online Türk Sağlık Bilimleri Derg. 2019;4(2):156-69. [Crossref]
- Şenol A, Özer Balin Ş. Yoğun bakım ünitelerinde sık görülen enfeksiyonlar, Gram-negatif mikroorganizmalar, antibiyotik direnci [Common Infections in intensive care units, Gram-negative microorganisms, antibiotic resistance]. KSÜ Tıp Fak Derg. 2021;16(1):35-9. [Crossref]
- Çeken N, Duran H, Atik B. Yoğun bakım ünitelerinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşlarının 4 yıllık direnç profili [The profile of Pseudomonas aeruginosa strains isolated from in intensive care units over a four-year span]. Pam Med J. 2021;14(2):306-11. [Crossref]
- Demirdal T, Şen P, Yula E, Kaya S, Nemli SA, Demirci M. Yoğun bakım ünitelerinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşlarının direnç profilleri: Beş yıllık değerlendirme [Assessment of Pseudomonas aeruginosa resistance profiles in intensive care units: Five-year outcomes]. Ortadoğu Tıp Derg. 2017;9(3):108-12. [Crossref]
- Sağmak-Tartar A, Özer AB, Ulu R, Akbulut A. Endotrakeal aspirat örneklerinden izole edilen bakteriler ve antibiyotik duyarlılıkları: Bir yıllık retrospektif analiz [Microbiological evaluation of the pathogens isolated from the endotracheal aspirate samples of the patients followed in the intensive care units: a one-year retrospective analysis]. Klimik Derg. 2018; 31(1):56-60. [Link]
- Aydemir Ö, Terzi HA, Şahin Özözen E, Köroğlu M, Altındiş M. Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarında piperasilin/ tazobaktam invitro etkinliği [Piperacillin/ tazobactam in-vitro activity in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains with extended spectrum beta-lactamase production]. Online Türk Sağlık Bilimleri Dergisi. 2019;4(2): 118-27. [Crossref]
- Kahraman EP, Karakeçe E, Erdoğan F, Uluyurt H, Köroğlu M, Çiftci İH. Klebsiella pneumoniae izolatlarının antibiyotiklere direnç durumlarının değerlendirilmesi [The evaluation of antibiotic resistance status of Klebsiella pneumoniae]. Ortadoğu Med J. 2017;9(1):12-8. [Crossref]
- Koçak AA, Yayla B, Güçlü AÜ, Mirza HC, İştar EH, Alışkan HE, et al. Adana'da bir üniversite hastanesinde izole edilen solunum yolu patojenleri ve antibiyotik direnç profillerinin değer- lendirilmesi [Evaluation of respiratory pathogens ısolated in a university hospital in Adana and their antibiotic resistance profiles]. Türk Mikrobiyoloji Cem Derg. 2019;49(4):226-32. [Link]
- Kula-Atik T, Uzun B. Kan kültürlerinden izole edilen Staphylococcus aureus suşlarının metisiline ve diğer antimikrobiyal ajanlara direnç durumlarının değerlendirilmesi [Evaluation of resistance in Staphylococcus aureus strains isolated from blood cultures to methicillin and other antimicrobial agents]. Klimik Derg. 2020;33(2):132-6. [Link]
- Caskurlu H, Davarci I, Kocoglu ME, Cag Y. Examination of blood and tracheal aspirate culture results in intensive care patients: 5-year analysis. Medeni Med J. 2020;35(2):128-35. [Crossref] [PubMed] [PMC]
.: İşlem Listesi